Whole Exome Sequencing

Η αλληλούχιση όλων των εξωνίων του γονιδιώματος (Whole Exome Sequencing, WES) εντοπίζει αλλαγές στο DNA εστιάζοντας στις πιο πληροφοριακές περιοχές του γονιδιώματος, τα εξώνια. Τα εξώνια είναι οι αλληλουχίες DNA των γονιδίων που κωδικοποιούν πρωτεΐνες, τις οποίες χρειάζεται ο οργανισμός για να λειτουργήσει σωστά. Μέχρι σήμερα έχει εντοπιστεί ένας μεγάλος αριθμός μεταλλάξεων που προκαλούν ασθένειες, οι περισσότερες από τις οποίες βρίσκονται σε εξώνια. Ενώ οι περισσότερες γενετικές εξετάσεις επικεντρώνονται σε ένα μόνο γονίδιο ή σε ορισμένα προκαθορισμένα γονίδια, η ανάλυση WES εξετάζει χιλιάδες γονίδια ταυτόχρονα.

Τα αναλυθέντα εξώνια του γονιδιώματος συγκρίνονται πάντα με τα αντίστοιχα του ανθρώπινου γονιδιώματος αναφοράς. Παρότι υπάρχουν πάντα κάποιες διαφοροποιήσεις, ανάλογα με το άτομο και τα διαθέσιμα στοιχεία, η έκθεση αποτελεσμάτων αναφέρει μόνο τις μεταλλάξεις που σχετίζονται με ασθένειες, οι οποίες αναγνωρίζονται μετά από σύγκριση των αποτελεσμάτων με ιατρικές βάσεις δεδομένων και από πληροφορίες που περιέχουν διάφοροι επιστημονικοί ιστότοποι.  Αν η WES ανάλυσή αποκαλύψει οποιαδήποτε δυνητικά παθολογική παραλλαγή ή προβλήματα που μπορεί να σχετίζονται με τον κλινικό σας φαινότυπο, αυτό θα πρέπει να αναφερθεί στο γιατρό σας.

Ο έλεγχος Whole Exome Sequencing παρέχει κάλυψη ~99% σε όλες τις εξωνικές περιοχές του γονιδιώματος και ανίχνευση παραλλαγών αριθμού αντιγράφων (Copy Number Variation) με χρήση αλγορίθμου υψηλής ευαισθησίας.

Από τις μεθόδους «σάρωσης», όπως είναι η αλληλούχιση του γονιδιώματος ή των εξωνίων του γονιδιώματος, προκύπτουν τυχαία ευρήματα που σχετίζονται με αναγνώριση υψηλότερου κινδύνου ή γενετικής προδιάθεσης για την εκδήλωση σοβαρών ασθενειών, όπως ο κληρονομικός καρκίνος και οι καρδιοπάθειες. Εφ’ όσον το επιθυμείτε μπορούν στην έκθεση αποτελεσμάτων  να αναφερθούν τέτοιου τύπου δευτερογενή ευρήματα σύμφωνα με τις κατευθυντήριες γραμμές του «Αμερικάνικου Κολλεγίου Ιατρικών Γενετιστών» (ACMG v3.2, Miller et al. 2023).

Τα 81 γονίδια που αναλύονται είναι τα: ACTA2 ACTC1 ACVRL1 APC APOB ATP7B BAG3 BMPR1A BRCA1 BRCA2 BTD CACNA1S CALM1 CALM2 CALM3 CASQ2 COL3A1 DES DSC2 DSG2 DSP ENG FBN1 FLNC GAA GLA HFE HNF1A KCNH2 KCNQ1 LDLR LMNA MAX MEN1 MLH1 MSH2 MSH6 MUTYH MYBPC3 MYH11 MYH7 MYL2 MYL3 NF2 OTC PALB2 PCSK9 PKP2 PMS2 PRKAG2 PTEN RB1 RBM20 RET RPE65 RYR1 RYR2 SCN5A SDHAF2 SDHB SDHC SDHD SMAD3 SMAD4 STK11 TGFBR1 TGFBR2 TMEM127 TMEM43 TNNC1 TNNI3 TNNT2 TP53 TPM1 TRDN TSC1 TSC2 TTN TTR VHL WT1

Εάν επιλέξετε να λάβετε την έκθεση των τυχαίων ευρημάτων, ελέγχουμε τα γονίδια που περιλαμβάνονται στη λίστα του ACMG για παθολογικές και πιθανώς παθολογικές παραλλαγές. Σε περίπτωση ανάλυσης γονέων-παιδιού (αναλύσεις Trio), τα τυχαία ευρήματα αναλύονται μόνο για το πάσχον παιδί. Η ενημέρωση των γονέων για περιπτώσεις φορείας μεταλλάξεων των ιδίων, που περιλαμβάνονται στα τυχαία ευρήματα που εντοπίστηκαν στον ασθενή-δείκτη, μπορεί να ζητηθεί με μια νέα συγκατάθεση των γονέων. Τα ευρήματα θα εκδοθούν σε ατομικές εκθέσεις. Τα τυχαία ευρήματα δεν αναφέρονται στην περίπτωση δειγμάτων εμβρύων ή θανόντων ατόμων.

Η διαγνωστική ικανότητα της αλληλούχισης νέας γενιάς (NGS) που χρησιμοποιείται διαθέτει υψηλό επίπεδο ειδικότητας και ακρίβειας. Η επιβεβαίωση των αποτελεσμάτων με αλληλούχιση κατά Sanger έδειξε 100% ακρίβεια των ανιχνευθέντων με NGS γενετικών παραλλαγών. Ως εκ τούτου, μπορούμε να βασιζόμαστε αποκλειστικά στο NGS για αυτές τις παραλλαγές. Όλες οι ανιχνευθείσες παραλλαγές που δεν πληρούν τις ποιοτικές παραμέτρους για 100% ακρίβεια επιβεβαιώνονται με αλληλούχιση κατά Sanger.

Τα δείγματα των βιολογικών γονέων χρησιμοποιούνται για τη βελτίωση της ερμηνείας των τελικών αποτελεσμάτων της ανάλυσης WES του πάσχοντος παιδιού. Στις αναλύσεις Trio, η αλληλούχιση και οι βιοπληροφορικές  αναλύσεις των γονεϊκών δειγμάτων γίνονται παράλληλα με τις αναλύσεις του πάσχοντος παιδιού. Ελέγχεται το βιολογικό υλικό των γονέων (με βάση τα δεδομένα της αλληλούχισης όλων των εξωνίων του γονιδιώματος) μόνο σε σχέση με τον κλινικό φαινότυπο του ασθενή.

Εναλλακτικά μπορεί να διενεργηθεί στοχευμένος έλεγχος των γονέων ανάλογα με τα αποτελέσματα που θα προκύψουν από την ανάλυση WES του τέκνου.

Η αλληλούχιση όλων των εξωνίων του γονιδιώματος δεν καλύπτει το 100% των εξωνίων του ανθρώπινου γονιδιώματος. Τα αποτελέσματα των γενετικών αναλύσεων ερμηνεύονται στο πλαίσιο των κλινικών δεδομένων, του οικογενειακού ιστορικού και άλλων εργαστηριακών ελέγχων που έχουν αναφερθεί. Λανθασμένη αξιολόγηση των ευρημάτων μπορεί να συμβεί αν οι κλινικές πληροφορίες δεν είναι πλήρεις και ακριβείς. Η μεθοδολογία που χρησιμοποιήθηκε δεν μπορεί να ανιχνεύσει σύνθετες γενετικές παραλλαγές, όπως αναστροφές, ανακατατάξεις, επεκτάσεις νουκλεοτιδικών επαναλήψεων και και ελλείψεις/διπλασιασμούς >20bp.

Whole Exome Sequencing Solo  έλεγχος του εξεταζόμενου ατόμου

Κάλυψη ≥99% σε βάθος ανάγνωσης ≥30x και ανίχνευση παραλλαγών αριθμού αντιγράφων (Copy Number Variation) με χρήση αλγορίθμου υψηλής ευαισθησίας

Whole Exome Sequencing Trio  έλεγχος του εξεταζόμενου ατόμου και των γονεϊκών δειγμάτων

Κάλυψη ≥99% σε βάθος ανάγνωσης ≥30x και ανίχνευση παραλλαγών αριθμού αντιγράφων (Copy Number Variation) με χρήση αλγορίθμου υψηλής ευαισθησίας

Το εργαστήριο συμμετέχει με επιτυχία στον εξωτερικό έλεγχο ποιότητας Exome Sequencing Data Interpretation του GENQA.

Πριν την έναρξη της εξέτασης παρέχεται γενετική συμβουλευτική για την ακριβέστερη διερεύνηση του κλινικού φαινοτύπου και το είδος της ανάλυσης που ενδείκνυται να χρησιμοποιηθεί. Για περισσότερες πληροφορίες μπορείτε να επικοινωνήσετε με το εργαστήριο.

Είδος δείγματος και χρόνος ανάλυσης: Περιφερικό αίμα ή επίχρισμα παρειάς. Ο τυπικός χρόνος ολοκλήρωσης της ανάλυσης είναι 6 εβδομάδες. Δίνεται προτεραιότητα σε επείγοντα περιστατικά μετά από συνεννόηση με το εργαστήριο.