Μοριακός Καρυότυπος (array CGH) υψηλής ευκρίνειας

Οι χρωμοσωμικές ανωμαλίες έχουν αναγνωριστεί  ως κύρια αιτία εμφάνισης αναπτυξιακής και νοητικής υστέρησης, διαταραχών του αυτιστικού φάσματος αλλά και πολλαπλών συγγενών  ανωμαλιών. Μέχρι πρόσφατα η προτιμώμενη μέθοδος ανίχνευσης χρωμοσωμικών αλλοιώσεων ήταν ο συμβατικός καρυότυπος, ο οποίος παρέχει τη δυνατότητα ελέγχου όλων των χρωμοσωμάτων για ανευπλοειδίες αλλά και τμημάτων αυτών μέχρι του ορίου των 5-10Μb.

Ο μοριακός καρυότυπος (ή συγκριτικός γενωμικός υβριδισμός σε μικροσυστοιχίες) είναι μια νέα τεχνική που παρέχει τη δυνατότητα ανίχνευσης χρωμοσωμικών ανωμαλιών που συνοδεύονται με αλλαγή στην ποσότητα του γενετικού υλικού (ανευπλοειδίες, ελλείψεις, διπλασιασμοί) στο εύρος όλου του γονιδιώματος ενός ασθενούς, με πολύ μεγαλύτερη διακριτική ικανότητα, που μπορεί να φτάσει και τα 50Kb.

Πλήθος μελετών έχουν δείξει τα οφέλη της εφαρμογής του μοριακού καρυοτύπου σε ασθενείς με αγνώστου αιτιολογίας αναπτυξιακή υστέρηση και συγγενείς ανωμαλίες, οδηγώντας στην αποδοχή του μοριακού καρυοτύπου ως εξέταση πρώτου σταδίου για τους ασθενείς αυτούς. Συγκεκριμένα, έχει αναφερθεί ότι ο μοριακός καρυότυπος μπορεί να διαγνώσει το χρωμοσωμικό αίτιο στους ασθενείς αυτούς σε ποσοστό 15-20%, σε αντιδιαστολή με τον συμβατικό καρυότυπο όπου το ποσοστό είναι της τάξης του 3%.

Στα σημαντικά πλεονεκτήματα της μεθόδου περιλαμβάνεται η δυνατότητα ανίχνευσης οποιασδήποτε ποσοτικής αλλαγής στο εύρος όλου του γονιδιώματος ενός ασθενούς με μέση διακριτική ικανότητα περίπου 1.000 φορές μεγαλύτερη από αυτή του συμβατικού καρυοτύπου, με συνέπεια την ανίχνευση κρυπτικών μικροελλειμάτων και μικροδιπλασιασμών οι οποίοι ευθύνονται για ένα μεγάλο αριθμό γενετικών νοσημάτων και συνδρόμων.

Ο μοριακός καρυότυπος ενδείκνυται στις περιπτώσεις:

• ασθενών με αναπτυξιακή/νοητική υστέρηση, συγγενείς ανωμαλίες ή ψυχοκινητική καθυστέρηση αγνώστου αιτιολογίας, ιδίως εάν ο συμβατικός καρυότυπος είναι φυσιολογικός ή δείχνει μια «ισοζυγισμένη μετάθεση» καθώς και
• ασθενών με διαταραχές του αυτιστικού φάσματος και φυσιολογικό συμβατικό καρυότυπο

Το εργαστήριο μας χρησιμοποιεί το ολοκληρωμένο σύστημα μικροσυστοιχιών της εταιρίας Agilent Technologies, μια από τις πιο εξελιγμένες πλατφόρμες που υπάρχουν διαθέσιμες αυτή τη στιγμή. Οι μικροσυστοιχίες ολιγονουκλοτιδίων υψηλής ευκρίνειας 4x180K CGH+SNP που χρησιμοποιούνται παρέχουν αναλυτική ικανότητα 50kb κατά μέσο όρο, και ακόμη μεγαλύτερη σε περιοχές που εδράζονται σημαντικά γονίδια (gene oriented arrangement), ενώ 99% των γνωστών γονιδίων καλύπτονται από τουλάχιστον 3 ανιχνευτές (probes). Παράλληλα, με τους ανιχνευτές SNP που διαθέτουν παρέχουν τη δυνατότητα ανίχνευσης περιοχών απώλειας ετεροζυγωτίας (LOH).

Συγκριτικός γενωμικός υβριδισμός σε μικροσυστοιχίες G3 4x180K CGH+SNP της εταιρίας Agilent, οι οποίες καλύπτουν όλο το γονιδίωμα με ~180.000 ολιγονουκλεοτιδικούς ανιχνευτές με μεγαλύτερη πυκνότητα σε περιοχές που φέρουν γονίδια τα οποία έχουν συσχετιστεί με γενετικά νοσήματα, παρέχοντας ανάλυση 50kb κατά μέσο όρο. Παράλληλα, η ύπαρξη ανιχνευτών SNP δίνει τη δυνατότητα ανίχνευσης περιοχών απώλειας ετεροζυγωτίας (LOH).

Είδος δείγματος: 2ml αίματος σε EDTA

Χρόνος απάντησης: 4 εβδομάδες

Η τεχνική aCGH+SNP δεν δύναται να εντοπίσει σημειακές μεταλλάξεις, ισοζυγισμένες μεταθέσεις και μικρό ποσοστό μωσαικισμού.