3d1fda2c-63f2-4879-a277-5769e4cbd7f2

Τι είναι η αλληλούχιση όλων των εξωνίων του γονιδιώματος;

Η αλληλούχιση όλων των εξωνίων του γονιδιώματος (Whole Exome Sequencing, WES) εντοπίζει αλλαγές στο DNA εστιάζοντας στις πιο πληροφοριακές περιοχές του γονιδιώματος, τα εξώνια. Τα εξώνια είναι οι αλληλουχίες DNA των γονιδίων που κωδικοποιούν πρωτεΐνες, τις οποίες χρειάζεται ο οργανισμός για να λειτουργήσει σωστά. Μέχρι σήμερα έχει εντοπιστεί ένας μεγάλος αριθμός μεταλλάξεων που προκαλούν ασθένειες, οι περισσότερες από τις οποίες βρίσκονται σε εξώνια. Ενώ οι περισσότερες γενετικές εξετάσεις επικεντρώνονται σε ένα μόνο γονίδιο ή σε ορισμένα προκαθορισμένα γονίδια, η ανάλυση WES εξετάζει χιλιάδες γονίδια ταυτόχρονα.

 Έκθεση αποτελεσμάτων

Τα αναλυθέντα εξώνια του γονιδιώματος συγκρίνονται πάντα με τα αντίστοιχα του ανθρώπινου γονιδιώματος αναφοράς. Παρότι υπάρχουν πάντα κάποιες διαφοροποιήσεις, ανάλογα με το άτομο και τα διαθέσιμα στοιχεία, η έκθεση αποτελεσμάτων αναφέρει μόνο τις μεταλλάξεις που προκαλούν ασθένειες, οι οποίες αναγνωρίζονται μετά από σύγκριση των αποτελεσμάτων με ιατρικές βάσεις δεδομένων και από πληροφορίες που περιέχουν διάφοροι επιστημονικοί ισότοποι.  Αν η WES ανάλυσή αποκαλύψει οποιαδήποτε δυνητικά παθολογική παραλλαγή ή προβλήματα που μπορεί να σχετίζονται με τον κλινικό σας φαινότυπο, αυτό θα πρέπει να αναφερθεί στο γιατρό σας.

 Τυχαία ευρήματα

Από τις μεθόδους «σάρωσης», όπως είναι η αλληλούχιση του γονιδιώματος ή των εξωνίων του γονιδιώματος, προκύπτουν τυχαία ευρήματα που σχετίζονται με αναγνώριση υψηλότερου κινδύνου ή γενετικής προδιάθεσης για την εκδήλωση σοβαρών ασθενειών, για τις οποίες μπορεί να μην υπάρχει θεραπεία. Εφ’ όσον το επιθυμείτε μπορούν στην έκθεση αποτελεσμάτων  να αναφερθούν τέτοιου τύπου τυχαία ευρήματα σύμφωνα με τις κατευθυντήριες γραμμές του «Αμερικάνικου Κολλεγίου Ιατρικών Γενετιστών» (ACMG- Green et al 2013, GenMed 15:565). Περιλαμβάνονται επίσης οι γενετικές παραλλαγές αβέβαιης κλινικής σημασίας, αλλά με ισχυρή in silico πρόβλεψη παθογένειας.

Εάν επιλέξετε να λάβετε την έκθεση των τυχαίων ευρημάτων, ελέγχουμε τα γονίδια που περιλαμβάνονται στη λίστα του ACMG για παραλλαγές που πρέπει να αναφερθούν. Σε περίπτωση ανάλυσης γονέων-παιδιού (αναλύσεις Trio), τα τυχαία ευρήματα αναλύονται μόνο για το πάσχον παιδί. Η ενημέρωση των γονέων για περιπτώσεις φορείας μεταλλάξεων των ιδίων, που περιλαμβάνονται στα τυχαία ευρήματα που εντοπίστηκαν στον ασθενή-δείκτη, μπορεί να ζητηθεί με μια νέα συγκατάθεση των γονέων. Τα ευρήματα θα εκδοθούν σε ατομικές εκθέσεις. Τα τυχαία ευρήματα δεν αναφέρονται στην περίπτωση δειγμάτων εμβρύων ή θανόντων ατόμων.

 Ακρίβεια των αναφερόμενων ευρημάτων

Η διαγνωστική ικανότητα της αλληλούχισης νέας γενιάς (NGS) που χρησιμοποιείται διαθέτει υψηλό επίπεδο ειδικότητας και ακρίβειας. Η επιβεβαίωση των αποτελεσμάτων με αλληλούχιση κατά Sanger έδειξε 100% ακρίβεια των ανιχνευθέντων με NGS γενετικών παραλλαγών. Ως εκ τούτου, μπορούμε να βασιζόμαστε αποκλειστικά στο NGS για αυτές τις παραλλαγές. Όλες οι ανιχνευθείσες παραλλαγές που δεν πληρούν τις ποιοτικές παραμέτρους για 100% ακρίβεια επιβεβαιώνονται με αλληλούχιση κατά Sanger.

 Η χρήση των γονεϊκών δειγμάτων στη ανάλυση WES

Τα δείγματα των βιολογικών γονέων χρησιμοποιούνται για τη βελτίωση της ερμηνείας των τελικών αποτελεσμάτων της ανάλυσης WES του πάσχοντος παιδιού. Στις αναλύσεις Trio, η αλληλούχιση και οι βιοπληροφορικές  αναλύσεις των γονεϊκών δειγμάτων γίνονται παράλληλα με τις αναλύσεις του πάσχοντος παιδιού. Ελέγχεται το βιολογικό υλικό των γονέων (με βάση τα δεδομένα της αλληλούχισης όλων των εξωνίων του γονιδιώματος) μόνο σε σχέση με τον κλινικό φαινότυπο του ασθενή.

Τεχνικοί περιορισμοί

Η αλληλούχιση όλων των εξωνίων του γονιδιώματος δεν καλύπτει το 100% των εξωνίων του ανθρώπινου γονιδιώματος. Περίπου το 5% των στοχευμένων εξωνίων μπορεί να μην καλύπτεται καλά εξαιτίας διαφόρων τεχνικών λόγων. Η έκταση της ανάλυσης εξαρτάται από την επιλογή του επιπέδου ανάλυσης, Gold ή Platinum. Ορισμένοι τύποι μετάλλαξης μπορεί να μην είναι ανιχνεύσιμοι (π.χ. ο μεγάλος αριθμός γονιδιακών αντιγράφων, η μεθυλίωση, οι τρινουκλεοτιδικές επεκτάσεις, μεγάλες ελλείψεις ή προσθήκες γενετικού υλικού κλπ).

 

Δυνατότητες ανάλυσης

Exome Gold           70-100x βάθος αλληλούχισης (~95% βάσεων με κάλυψη >10X)

Χρόνος απάντησης <55 εργάσιμες ημέρες

Exome Platinum    100-130x βάθος αλληλούχισης (~95% βάσεων με κάλυψη >20X)

Χρόνος απάντησης <15 εργάσιμες ημέρες

*Δυνατότητα προγεννητικού ελέγχου

 

Είδος ανάλυσης

□  Solo    □  Trio   □  Trio Plus (επιπρόσθετο μέλος οικογένειας)

 

Πριν την έναρξη της εξέτασης παρέχεται γενετική συμβουλευτική για την ακριβέστερη διερεύνηση του κλινικού φαινοτύπου και το είδος της ανάλυσης που ενδείκνυται να χρησιμοποιηθεί. Για περισσότερες πληροφορίες μπορείτε να επικοινωνήσετε με το εργαστήριο.

Είδος δείγματος και χρόνος ανάλυσης: Καθορίζονται μετά από συνεννόηση με το εργαστήριο.

ΕΠΙΚΟΙΝΩΝΗΣΤΕ ΜΑΖΙ ΜΑΣ!

διευθυνση

Λ. ΚΗΦΙΣΙΑΣ 302, ΧΑΛΑΝΔΡΙ

ΤΗΛΕΦΩΝΟ

2106803130

email

INFO@GENLAB.GR